30 VI 1818 roku bullą “Ex imposita Nobis” papież Pius VII powołał do istnienia Diecezję Sandomierską. Już pierwszy Biskup Sandomierski Szczepan Hołowczyc w 1819 roku podjął starania o utworzenie seminarium diecezjalnego, ale uskutecznił je dopiero drugi Biskup Sandomierski – Adam Prosper Burzyński. Po skompletowaniu kadry profesorskiej i przyjęciu pierwszych kandydatów, 7 Xl 1820 roku zainaugurował uroczyście pierwszy rok nauki. Z braku odpowiednich lokali umieszczono je tymczasowo w Domu Księży Emerytów, obok dzwonnicy katedralnej. Seminarium funkcjonowało tam aż 84 lata. Budynek jednak nie był w stanie pomieścić wszystkich alumnów i część z nich musiała mieszkać poza Seminarium. W 1903 roku rząd rosyjski zlikwidował klasztor benedyktynek przy ulicy Gołębickiej (obecnie Żeromskiego), a budynki klasztorne miał zamiar przeznaczyć dla urzędów powiatowych. Wówczas Biskup Aleksander Zwierowicz zwrócił się z prośbą o oddanie poklasztornych budynków dla Seminarium, a na cele rządowe zaproponował przekazanie dotychczasowego budynku seminaryjnego. Rząd zgodził się i w 1904 roku Seminarium Duchowne przeniosło się w obecne miejsce.
Nowy budynek był jednak niewystarczający, dlatego też w 1906 roku dobudowano do niego, od strony ogrodu, nowe skrzydło, które wraz z dotychczasowymi z 1637 i 1639 roku stworzyło uroczy wirydarz, w centrum, którego w 1913 roku umieszczono figurę Chrystusa Dobrego Pasterza. W latach 1998-1999 gmach Wyższego Seminarium Duchownego poddano gruntownemu remontowi, by w czasie wizyty Ojca Świętego Jana Pawła II w Sandomierzu 12 czerwca 1999 r. godnie przyjąć zaproszonych gości.
Kolejny etap prac rozpoczął się w 2005 roku. Gruntownemu remontowi poddana została elewacja trzech skrzydeł budynku głównego i kościoła seminaryjnego pw. św. Michała Archanioła. Prace zakończono w 2012 r. Jednocześnie trwały pracy renowacyjne wewnątrz budynku: odmalowano górne korytarze, została położona nowa marmurowa posadzka na długości całego dolnego korytarza, ustawiono nowe schody dębowe. Remontowi poddana została także Aula Ewangelistów, gdzie odrestaurowano zabytkowe stiuki. W 2017 r. odnowiono kaplicę klerycką oraz zamontowano w niej nowe oświetlenie, a w 2018 r. poddano konserwacji i strojeniu znajdujące się w kaplicy organy. W 2018 r. rozpoczęto prace związane z odwodnieniem całości budynku. W 2019 r. zostały odmalowane dolne korytarze.
Obecnie w dolnej części budynku pobenedyktyńskiego mieści się Biblioteka Diecezji Sandomierskiej, a od 2018 roku również Archiwum Diecezjalne.